EBC: No TRF-1, no DF, foi condenado em ação de improbidade administrativa à suspensão dos direitos políticos por três anos e a pagamento de multa por ocupação ilegal de apartamentos funcionais, de propriedade da Câmara dos Deputados, na época em que era deputado federal.
O senador recorreu da decisão na mesma instância, mas a decisão foi mantida. O parlamentar recorre em segunda instância.
Já no TRE-MG, teve reprovada a prestação de contas referente às eleições de 2006. O parlamentar recorreu mas a decisão foi mantida.
Ainda no estado mineiro, é alvo de ação de improbidade administrativa por dano ao erário movida pelo Ministério Público Estadual. Além de Zezé Perrella, são investigados seu filho, o deputado estadual de Minas Gustavo Perrella (SDD); seu irmão, Geraldo de Oliveira Costa; e seu sobrinho, André Almeida Costa; bem como Baldonedo Arthur Napoleão e Antônio Lima Bandeira, ambos ex-diretores da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig).
Segundo o MP, a empresa Limeira Participações Ltda, pertencente ao senador, teria fechado contratos, convênios e termos de parceria sem licitação com a Epamig. A Justiça de Minas Gerais determinou o bloqueio de bens e a quebra dos sigilos bancário e fiscal dos envolvidos.
